俄国十月革命后，大批贵族、地主、军官流亡上海。到30年代中期，上海成为除哈尔滨以外一个重要的俄国人聚居地。1922年，大批白俄难民从俄国远东地区涌入上海，于是主显堂开展大规模的慈善活动。此后，在主显堂周围形成一片俄侨社区。1927年3月，主显堂被中国军队占据。虽然1929年主显堂恢复， 但是1932年一二八事变中主显堂彻底被毁，加之大部分俄侨都已迁居法租界，于是必须在法租界新建俄侨教堂。
就是在这样的背景下，圣尼古拉斯教堂在西蒙主教及当时在沪的俄侨的鼎力相助下，圣尼古拉斯教堂才被建造出来。的圣尼古拉堂是一个军人小教堂，始创于1924年12月，位于法租界霞飞路583弄13号的民宅内，次年3月21日祝圣。1927年1月1日迁至霞飞路876号，1931年再迁至霞飞路929号。教堂内设立纪念遇难沙皇尼古拉二世的神龛。
1932年主显堂被毁之后，西蒙主教和格列博夫中将便呼吁在当时俄侨聚集的法租界建立一座新的东正教堂。两人在俄侨和上海其他各国外侨中发起募捐，号召一起，众人响应，俄侨们有钱出钱，有力出力，迅速筹集到10万银元，在法租界的高乃依路租地建造教堂。
教堂的建筑师是俄侨亚龙，也是被毁的主显堂的设计者，他无偿为教堂提供设计。1932年12月18日，举行奠基仪式。1934年3月31日，教堂举行落成祝圣仪式。教堂的风格为带有俄罗斯地域特征的拜占庭式，当时的内外装饰均极为华丽，有9个金色的圆顶与十字架，内部可容纳四五百名信徒。
圣尼古拉斯堂是一座典型的俄罗斯东正教堂。整个建筑为砖混结构，在空间布局上遵循拜占廷建筑形式，集中式布局，希腊十字式平面。以相互垂直的两条中轴线为构图，在安排层层收分的拱顶，处以一个圆顶构成整个建筑的视觉。建筑形态从穹顶的等臂十字到四角层层降低，形体富有变化，仿佛一朵盛放的花朵。
教堂在檐下及腰线下雕刻浮雕式连续券和装饰带，立面为典型拜占庭建筑形象，多处用圆尖顶式的形象，分不同的大小、高低，装饰其间。墙面多是中间设垂直形窗，窗顶用半圆拱作为结束，窗框、窗格多用铸铁花、半圆形山花，镶彩色玻璃窗。窗口周围设多层线脚，但并不繁复。以壁柱、连续券、有雕刻的线角和螺旋柱为装饰。比起俄罗斯本土的东正大教堂及拜占庭建筑的辉煌华丽，该堂要更加简洁。入口采用半圆拱发券，花式砌筑，镂空图案。整个教堂使用灰白两色，典雅大气。大堂室内四周砌以彩色瓷砖，四壁和穹顶均有彩色壁画存留。
1942年，圣尼古拉堂地皮租约到期，业主丁秀珍女士依约收走房产。1946年经法院调解，教堂仍归东正教会使用。之后上海东正教会分裂，圣尼古拉斯等两所教堂归属中国东正教会，圣母大堂等七所教堂归属俄罗斯东正教会。
1949年以后，俄侨纷纷离开上海，东正教堂失去了维护修缮经费。至1955年8月，圣尼古拉斯堂关闭。随后的1956年3月30日，中苏两国政府签订《关于交接在中华人民共和国的俄罗斯东正教会和莫斯科大主教区所属东亚教区财产的议定书》，规定上海东正教会与俄罗斯东正教和莫斯科大主教脱离关系。9月28日，在沪东正教房地产由苏联政府移交中国政府。
1966年文革中，上海的教堂几乎被破坏殆尽，圣尼古拉斯教堂却因靠着门口雨篷遮掩的门楣上，贴有伟人肖像而躲过一劫。但圣尼古拉堂的圆顶被砍了下来，砸得粉碎，圆顶内部的实心拼镶木块也散落得到处都是。之后教堂便被工厂占用，为了放置更多的机器，教堂就被隔成了二层，原本高耸的空间变得狭小压抑。加之年久失修，教堂失去了往日的光彩。
上世纪九十年代，教堂陆续被用作洗衣厂、中餐厅和幸运阁大酒店。直至1994年，该堂公布为上海市建筑保护单位，教堂才重建了穹顶，但却使用了极其简易的马赛克贴面，大大破坏了教堂原有的风貌。
近年教堂又改造为一家叫做阿香蒂的西式餐厅。餐厅内部以红色沙发为主要摆设，搭配金色的珠帘以及水晶吊饰，墙面饰以精美的壁画，加上教堂窗边的彩绘玻璃，弥漫着一种既浪漫又热情的拉丁风情，却与教堂原有的风貌不符。如今餐厅已经关闭，目前空置，但圣尼古拉堂依然没有恢复它的宗教功能。
今天，比起国外许多宏伟精致的东正教大教堂，从外观上看，圣尼古拉斯教堂略显简陋，但对于当年流落他乡，衣衫褴褛的俄侨而言，这里却是精神的温暖家园。如今这些俄侨的后人们来到上海的时候，还会去拜访这座当年的教堂，感恩那段茫茫乱世中，他们的家人在这里获得避难和救赎。同时，这座教堂也让我们能够体味道近代上海文化的丰富性和包容性。
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